Impact d’un biopesticide sur les communautés microbiennes du sol: étude en mésocosmes
Les effets des pesticides de synthèse sur la santé humaine et l’environnement sont une préoccupation croissante chez les consommateurs, exploitants, gestionnaires de l’environnement et politiciens. Ainsi, l’agriculture moderne est poussée à promouvoir l’utilisation de produits alternatifs respectueux de l’environnement tels que les produits phytosanitaires contenant des microorganismes (biopesticides). D’importants efforts sont généralement entrepris pour évaluer l’effet de ces produits sur les ravageurs et la protection des plantes. Par contre, le devenir dans l’environnement de ces microorganismes et surtout, leur impact potentiel sur les organismes du sol non-cibles sont peu évalués.
Ce manque d’information s’explique, en grande partie, par les limitations méthodologiques des approches classiques (établissement de cultures et identification des microorganismes au microscope), qui ne permettent pas d’analyser de manière détaillée et rapide, les communautés de microorganismes du sol. Cependant, et grâce aux nouvelles approches d’identification des espèces, basée sur des séquences d’ADN (« code-barres ») couplées aux nouvelles techniques de séquençage à ultra-haut débit, il est maintenant possible de caractériser les communautés microbiennes des sols (microbiome) de manière rapide et peu onéreuse. Ces nouvelles approches facilitent grandement l’évaluation de l’impact des biopesticides sur les microorganismes des sols.
Le but principal de ce projet est de fournir et vérifier la plausibilité des scénarios de risques, dont il faut tenir compte lors de la mise en œuvre de l’ordonnance sur la dissémination dans l’environnement. Ces scénarios se basent sur des modèles issus de la recherche. Dans ce cas il s’agit de tester l’hypothèse relative à l’impact de microorganismes sur les communautés de bactéries, champignons et protistes du sol et analyser la dynamique temporelle de ces communautés.
Le projet prévoit de tester dans des mésocosmes l’impact d’un biopesticide sur la communauté microbienne du sol par analyse par séquençage. Ce biofongicide, très utilisé en Europe, est efficace contre la gommose (Didymella) et des champignons pathogènes du sol (Fusarium, Phytophthora, Pythium, Rhizoctonia). L’organisme contenu dans ce produit agit par concurrence et par parasitisme de l’organisme cible.
Cette étude aura l’originalité d’analyser l’impact d’un biopesticide sur tous les principaux groupes de microorganismes du sol (bactéries, champignons et protistes). En général, les études de ce type sont limitées à l’étude des communautés bactériennes et/ou de champignons.
Valorisation
FOURNIER, B., PEREIRA DOS SANTOS, S., GUSTAVSEN J. A., IMFELD, G., LAMY, F., MITCHELL, E. A. D, MOTA, M., NOLL, D., PLANCHAMP, C., HEGER, T. J., 2020, Impact of a synthetic fungicide (fosetyl-Al and propamocarb-hydrochloride) and a biopesticide (Clonostachys rosea) on soil bacterial, fungal, and protist communities, Science of the Total Environment, 738, e139635 (lien)
HEGER T., High-throughput sequencing data and bioinformatic tools open new perspectives for ecotoxicological assessment of biopesticides in soils, The 10th Expert Group on BioPesticides of OECD, Seminar on “Bioinformatics and regulation of microbial pesticides », 24 juin 2019, Paris, France
2018 – 2020
Financement: Office fédéral de l’environnement
